安徽省儿童医院眼科成立于1990年，是安徽省唯一的小儿眼科专业学科,现有主任医师1名，副主任医师1名，主治医师4名，住院医师5名，视光师2名。开放床位25张。
安徽省儿童医院儿童眼科设备齐全，目前配备眼科手术显微镜、超乳波切一体机、532眼底激光器、眼科冷冻机、广角眼底相机、间接检眼镜、数码裂隙灯、眼压计、电脑验光仪、综合验光仪、同视机、角膜曲率仪、角膜地形图等。
安徽省儿童医院儿童眼科积极开展各种小儿眼科疾病的治疗，如斜弱视、屈光不正、小儿泪道疾病、小儿眼整形、小儿眼外伤、小儿眼部肿瘤、儿童眼底病等，尤其在复杂性斜视、视网膜母细胞瘤（RB）的综合治疗、早产儿视网膜病变（ROP）的筛查、诊治领域有着丰富的经验积累。
2018年11月25日，安徽省儿童医院儿童眼病治疗中心正式成立，特聘请北京儿童医院眼科赵军阳主任为科室客座教授、主任，造福于安徽及广大周边儿童。
