1、亳州市人民医院
亳州市人民医院成立于1949年，已发展成为集医疗、教学、科研、康复、急救、健康维护、司法鉴定于一体的国家三级甲等综合性医院和全国百姓放心百佳示范医院。
新院地址：亳州市经济开发区杜仲路616号
老院地址：亳州市谯城区薛家巷3号
2、亳州市中医院
亳州市中医院是一所集中医医疗、教学、科研于一体的三级甲等中医医院，是安徽省“北华佗、南新安”重点建设单位，是安徽中医药大学教学医院、安徽中医药大学第一附属医院亳州分院。
医院地址：亳州市北一环与魏武大道交叉口向西100米
3、亳州市妇幼保健院
亳州市妇幼保健院始建于2012年，现已发展成为一所集保健、医疗、预防、康复、科研、教学为一体的三级妇幼保健院。
地址：亳州市高新区香蒲路与老君大道交叉口东侧
4、亳州市华佗中医院
亳州市华佗中医院始建于1956年，是亳州市谯城区卫健委直属的，集名医堂、医疗、教研、防保为一体的二级甲等中医医院。
地址：亳州市谯城区州后街
5、亳州市第五人民医院
亳州市第五人民医院（亳州市精神卫生中心）于2017 年 5 月 4 日成立，属市直医疗卫生机构，是全市唯一一家二级精神专科现代化公立医院。
医院地址：亳州市谯城区魏武大道与北一环交叉口路西
6、亳州市李楼医院
亳州市李楼医院是经国家批准的一座新型农村合作医疗定点医院，城镇职工，城镇居民，医保定点医院及各类医保定点医院。
地址：亳州市十九里镇李楼村
7、亳州骨科医院
亳州骨科医院是一家集临床、急救、教学、科研、康复、预防、保健于一体，以“人本位”医疗为核心的非营利性二级专科医院。
地址：亳州市谯城区经开区汤王大道2366号
8、亳州兴华医院
亳州兴华医院（原名亳州市兴华妇幼保健院）2006年经亳州市卫生局审批，省卫生厅备案的一所妇幼专科医院，目前已经正式升级为二级综合医院。
地址：亳州市谯城区汤王大道北段
